يعاني النظام الصحي المحلي من صعوبات عدة تتمثل في:
1 – الضعف التنظيمي بالذات في الجوانب التخطيطية والاقتصادية، حيث أن كثيراً منها يتميز بالسطحية والبعض هو مجرد معاملات إدارية لا ينطبق عليها وصف الخطط ولا الدراسات العميقة والمتخصصة، كما أن التنظيم يوضح بجلاء الانفصام الواضح فيما بين التخطيط والتنفيذ – لا توجد خطة إستراتيجية واضحة للعمل الصحي لدينا، وإن وجدت بعض الخطط (كما توصف) فهي مجرد أمنيات أو خطط ورقية لايلتزم بها المنفذ وتتغير بتغير الأشخاص.